Isolation and molecular detection of bovine parainfluenza virus type 3 in cattle in Serbia
Izolacija i molekularna detekcija parainfluenca 3 virusa kod goveda u Srbiji
2016
Преузимање 🢃
Аутори
Veljović, LjubišaKnežević, Aleksandra
Milić, Nenad
Krnjaić, Dejan
Miković, Radoš
Zorić, Andrea
Marković, Maja
Milićević, Vesna
Stamenković, Miodrag
Stanojević, Maja
Maksimović Zorić, Jelena
Petrović, Tamaš
Nišavić, Jakov
Чланак у часопису (Објављена верзија)
Метаподаци
Приказ свих података о документуАпстракт
The presence of bovine parainfluenza virus type 3 (BPIV3) was examined in 119 nasal swabs collected from cattle with severe respiratory infection. All samples were conducted for virus isolation on the MDBK cell line. The cytopathic effect was observed after 48h to 72h in cells inoculated with eight samples (8/119; 6.7%). The confirmation of isolated strains of BPIV3 was done by the virus-neutralization test. In addition, all samples of bovine nasal swabs were also examined for the presence of BPIV3 virus using RT-PCR with primers specific for the part of HN gene. The presence of BPIV3 was detected in eight samples (8/119; 6.7%) that were also positive upon virus isolation. The molecular characterization based on nucleotide sequencing of the part of the HN gene showed that all BPIV3 isolates belonged to genotype C of BPIV3. They branched in one distinct cluster with three different branches, but these branches were very similar to each other (98.1% to 99.8%). Serbian BPIV3c isolates wer...e most similar to the Chinese BPIV3c isolates SD0805, SD0809 and SD0835 (from 97.92% to 99.7%), and to South Korean (12Q061), Japanese (HS9) and American (TVMDL16 and TVMDL20) BPIV3c strains (from 97.1% to 98.8%), and distinct from American (TVMDL15and TVMDL17) and Australian (Q5592) BPI3V genotype B strains (only 79.9% to 82.3% similarity), as well as from the genotype A BPIV3 strains from different countries published in GenBank.
Ukupno je ispitano 119 uzoraka nosnih briseva goveda na prisustvo parainfluenca 3 virusa goveda (bovine parainfluenza virus type, eng. - 3 BPIV3). Iz svih uzoraka nosnih briseva je vršena izolacija virusa na ćelijskoj liniji MDBK. Pojava citopatogenog efekta na kulturi ćelija, nakon 48h, odnosno 72h, utvrđena je kod osam uzoraka nosnih briseva (8/119; 6.7%). Identifikacija izolovanih sojeva BPIV3 je izvršena primenom virus neutralizacionog testa. Dodatno, svi uzorci nosnih briseva goveda su ispitani na prisustvo BPIV3 i primenom metode RT-PCR uz korišćenje prajmera specifičnih za deo HN gena virusa. Prisustvo virusne nukleinske kiseline je utvrđeno kod osam uzoraka nosnih briseva (8/119; 6.7%), koji su bili pozitivni i na izolaciji virusa. Molekularna karakterizacija zasnovana na sekvenciranju dela HN gena izolata BPIV3 iz Srbije je potvrdila da svi pripadaju genotipu C BPIV3 (BPIV3c). Oni su se u filogenetskom stablu granali u tri različite grane koje su međusobno veoma slične (98.1% ...do 99.8%). Izolati BPIV3 iz Srbije su pokazali visok stepen sličnosti nukleotidnih sekvenci sa BPIV3c sojevima SD0805, SD0809 i SD0835 iz Kine (97.92% do 99.7%), odnosno sa BPIV3c sojevima 12Q061 iz Južne Koreje, HS9 iz Japana i TVMDL16 i TVMDL20 iz Amerike (sličnost od 97.1% do 98.8%), kao i različitosti u odnosu na nukleotidne sekvence sojeva TVMDL15 i TVMDL17 izolovanih u Americi i soja Q5592 izolovanog u Australiji, a koji su pripadali genotipu B BPIV3 (sličnost od 79.9% do 82.3%). Slična razlika je utvrđena i sa nukleotidnim sekvencama sojeva virusa, poreklom iz različitih država, svrstanih u genotip A BPIV3, a objavljenih u genskoj bazi podataka (NCBI GenBank).
Кључне речи:
virus isolation / Serbia / RT-PCR / bovine parainfluenza virus type 3Извор:
Acta Veterinaria-Beograd, 2016, 66, 4, 509-519Издавач:
- Beograd : Beogradu - Fakultet veterinarske medicine, Beograd
Финансирање / пројекти:
- Развој и примена молекуларних метода заснованих на ланчаној реакцији полимеразе (PCR) у брзој и директној идентификацији сојева вируса Неwцастле болести живине и испитивање имуногености субјединичне вакцине припремљене од њихових антигена (RS-MESTD-Technological Development (TD or TR)-31008)
- Праћење здравственог стања дивљачи и увођење нових биотехнолошких поступака у детекцији заразних и зоонозних агенаса - анализа ризика за здравље људи, домаћих и дивљих животиња и контаминацију животне средине (RS-MESTD-Technological Development (TD or TR)-31084)
- Физиолошка, хемијска и молекуларна анализа диверзитета одабраних ретких и угрожених биљних врста у циљу еx ситу заштите и продукције биолошки активних једињења (RS-MESTD-Basic Research (BR or ON)-173024)
DOI: 10.1515/acve-2016-0044
ISSN: 0567-8315
WoS: 000392931700008
Scopus: 2-s2.0-85013438940
Институција/група
Naučni institut za veterinarstvo SrbijeTY - JOUR AU - Veljović, Ljubiša AU - Knežević, Aleksandra AU - Milić, Nenad AU - Krnjaić, Dejan AU - Miković, Radoš AU - Zorić, Andrea AU - Marković, Maja AU - Milićević, Vesna AU - Stamenković, Miodrag AU - Stanojević, Maja AU - Maksimović Zorić, Jelena AU - Petrović, Tamaš AU - Nišavić, Jakov PY - 2016 UR - https://reponivs.nivs.rs/handle/123456789/321 AB - The presence of bovine parainfluenza virus type 3 (BPIV3) was examined in 119 nasal swabs collected from cattle with severe respiratory infection. All samples were conducted for virus isolation on the MDBK cell line. The cytopathic effect was observed after 48h to 72h in cells inoculated with eight samples (8/119; 6.7%). The confirmation of isolated strains of BPIV3 was done by the virus-neutralization test. In addition, all samples of bovine nasal swabs were also examined for the presence of BPIV3 virus using RT-PCR with primers specific for the part of HN gene. The presence of BPIV3 was detected in eight samples (8/119; 6.7%) that were also positive upon virus isolation. The molecular characterization based on nucleotide sequencing of the part of the HN gene showed that all BPIV3 isolates belonged to genotype C of BPIV3. They branched in one distinct cluster with three different branches, but these branches were very similar to each other (98.1% to 99.8%). Serbian BPIV3c isolates were most similar to the Chinese BPIV3c isolates SD0805, SD0809 and SD0835 (from 97.92% to 99.7%), and to South Korean (12Q061), Japanese (HS9) and American (TVMDL16 and TVMDL20) BPIV3c strains (from 97.1% to 98.8%), and distinct from American (TVMDL15and TVMDL17) and Australian (Q5592) BPI3V genotype B strains (only 79.9% to 82.3% similarity), as well as from the genotype A BPIV3 strains from different countries published in GenBank. AB - Ukupno je ispitano 119 uzoraka nosnih briseva goveda na prisustvo parainfluenca 3 virusa goveda (bovine parainfluenza virus type, eng. - 3 BPIV3). Iz svih uzoraka nosnih briseva je vršena izolacija virusa na ćelijskoj liniji MDBK. Pojava citopatogenog efekta na kulturi ćelija, nakon 48h, odnosno 72h, utvrđena je kod osam uzoraka nosnih briseva (8/119; 6.7%). Identifikacija izolovanih sojeva BPIV3 je izvršena primenom virus neutralizacionog testa. Dodatno, svi uzorci nosnih briseva goveda su ispitani na prisustvo BPIV3 i primenom metode RT-PCR uz korišćenje prajmera specifičnih za deo HN gena virusa. Prisustvo virusne nukleinske kiseline je utvrđeno kod osam uzoraka nosnih briseva (8/119; 6.7%), koji su bili pozitivni i na izolaciji virusa. Molekularna karakterizacija zasnovana na sekvenciranju dela HN gena izolata BPIV3 iz Srbije je potvrdila da svi pripadaju genotipu C BPIV3 (BPIV3c). Oni su se u filogenetskom stablu granali u tri različite grane koje su međusobno veoma slične (98.1% do 99.8%). Izolati BPIV3 iz Srbije su pokazali visok stepen sličnosti nukleotidnih sekvenci sa BPIV3c sojevima SD0805, SD0809 i SD0835 iz Kine (97.92% do 99.7%), odnosno sa BPIV3c sojevima 12Q061 iz Južne Koreje, HS9 iz Japana i TVMDL16 i TVMDL20 iz Amerike (sličnost od 97.1% do 98.8%), kao i različitosti u odnosu na nukleotidne sekvence sojeva TVMDL15 i TVMDL17 izolovanih u Americi i soja Q5592 izolovanog u Australiji, a koji su pripadali genotipu B BPIV3 (sličnost od 79.9% do 82.3%). Slična razlika je utvrđena i sa nukleotidnim sekvencama sojeva virusa, poreklom iz različitih država, svrstanih u genotip A BPIV3, a objavljenih u genskoj bazi podataka (NCBI GenBank). PB - Beograd : Beogradu - Fakultet veterinarske medicine, Beograd T2 - Acta Veterinaria-Beograd T1 - Isolation and molecular detection of bovine parainfluenza virus type 3 in cattle in Serbia T1 - Izolacija i molekularna detekcija parainfluenca 3 virusa kod goveda u Srbiji EP - 519 IS - 4 SP - 509 VL - 66 DO - 10.1515/acve-2016-0044 UR - conv_484 ER -
@article{ author = "Veljović, Ljubiša and Knežević, Aleksandra and Milić, Nenad and Krnjaić, Dejan and Miković, Radoš and Zorić, Andrea and Marković, Maja and Milićević, Vesna and Stamenković, Miodrag and Stanojević, Maja and Maksimović Zorić, Jelena and Petrović, Tamaš and Nišavić, Jakov", year = "2016", abstract = "The presence of bovine parainfluenza virus type 3 (BPIV3) was examined in 119 nasal swabs collected from cattle with severe respiratory infection. All samples were conducted for virus isolation on the MDBK cell line. The cytopathic effect was observed after 48h to 72h in cells inoculated with eight samples (8/119; 6.7%). The confirmation of isolated strains of BPIV3 was done by the virus-neutralization test. In addition, all samples of bovine nasal swabs were also examined for the presence of BPIV3 virus using RT-PCR with primers specific for the part of HN gene. The presence of BPIV3 was detected in eight samples (8/119; 6.7%) that were also positive upon virus isolation. The molecular characterization based on nucleotide sequencing of the part of the HN gene showed that all BPIV3 isolates belonged to genotype C of BPIV3. They branched in one distinct cluster with three different branches, but these branches were very similar to each other (98.1% to 99.8%). Serbian BPIV3c isolates were most similar to the Chinese BPIV3c isolates SD0805, SD0809 and SD0835 (from 97.92% to 99.7%), and to South Korean (12Q061), Japanese (HS9) and American (TVMDL16 and TVMDL20) BPIV3c strains (from 97.1% to 98.8%), and distinct from American (TVMDL15and TVMDL17) and Australian (Q5592) BPI3V genotype B strains (only 79.9% to 82.3% similarity), as well as from the genotype A BPIV3 strains from different countries published in GenBank., Ukupno je ispitano 119 uzoraka nosnih briseva goveda na prisustvo parainfluenca 3 virusa goveda (bovine parainfluenza virus type, eng. - 3 BPIV3). Iz svih uzoraka nosnih briseva je vršena izolacija virusa na ćelijskoj liniji MDBK. Pojava citopatogenog efekta na kulturi ćelija, nakon 48h, odnosno 72h, utvrđena je kod osam uzoraka nosnih briseva (8/119; 6.7%). Identifikacija izolovanih sojeva BPIV3 je izvršena primenom virus neutralizacionog testa. Dodatno, svi uzorci nosnih briseva goveda su ispitani na prisustvo BPIV3 i primenom metode RT-PCR uz korišćenje prajmera specifičnih za deo HN gena virusa. Prisustvo virusne nukleinske kiseline je utvrđeno kod osam uzoraka nosnih briseva (8/119; 6.7%), koji su bili pozitivni i na izolaciji virusa. Molekularna karakterizacija zasnovana na sekvenciranju dela HN gena izolata BPIV3 iz Srbije je potvrdila da svi pripadaju genotipu C BPIV3 (BPIV3c). Oni su se u filogenetskom stablu granali u tri različite grane koje su međusobno veoma slične (98.1% do 99.8%). Izolati BPIV3 iz Srbije su pokazali visok stepen sličnosti nukleotidnih sekvenci sa BPIV3c sojevima SD0805, SD0809 i SD0835 iz Kine (97.92% do 99.7%), odnosno sa BPIV3c sojevima 12Q061 iz Južne Koreje, HS9 iz Japana i TVMDL16 i TVMDL20 iz Amerike (sličnost od 97.1% do 98.8%), kao i različitosti u odnosu na nukleotidne sekvence sojeva TVMDL15 i TVMDL17 izolovanih u Americi i soja Q5592 izolovanog u Australiji, a koji su pripadali genotipu B BPIV3 (sličnost od 79.9% do 82.3%). Slična razlika je utvrđena i sa nukleotidnim sekvencama sojeva virusa, poreklom iz različitih država, svrstanih u genotip A BPIV3, a objavljenih u genskoj bazi podataka (NCBI GenBank).", publisher = "Beograd : Beogradu - Fakultet veterinarske medicine, Beograd", journal = "Acta Veterinaria-Beograd", title = "Isolation and molecular detection of bovine parainfluenza virus type 3 in cattle in Serbia, Izolacija i molekularna detekcija parainfluenca 3 virusa kod goveda u Srbiji", pages = "519-509", number = "4", volume = "66", doi = "10.1515/acve-2016-0044", url = "conv_484" }
Veljović, L., Knežević, A., Milić, N., Krnjaić, D., Miković, R., Zorić, A., Marković, M., Milićević, V., Stamenković, M., Stanojević, M., Maksimović Zorić, J., Petrović, T.,& Nišavić, J.. (2016). Isolation and molecular detection of bovine parainfluenza virus type 3 in cattle in Serbia. in Acta Veterinaria-Beograd Beograd : Beogradu - Fakultet veterinarske medicine, Beograd., 66(4), 509-519. https://doi.org/10.1515/acve-2016-0044 conv_484
Veljović L, Knežević A, Milić N, Krnjaić D, Miković R, Zorić A, Marković M, Milićević V, Stamenković M, Stanojević M, Maksimović Zorić J, Petrović T, Nišavić J. Isolation and molecular detection of bovine parainfluenza virus type 3 in cattle in Serbia. in Acta Veterinaria-Beograd. 2016;66(4):509-519. doi:10.1515/acve-2016-0044 conv_484 .
Veljović, Ljubiša, Knežević, Aleksandra, Milić, Nenad, Krnjaić, Dejan, Miković, Radoš, Zorić, Andrea, Marković, Maja, Milićević, Vesna, Stamenković, Miodrag, Stanojević, Maja, Maksimović Zorić, Jelena, Petrović, Tamaš, Nišavić, Jakov, "Isolation and molecular detection of bovine parainfluenza virus type 3 in cattle in Serbia" in Acta Veterinaria-Beograd, 66, no. 4 (2016):509-519, https://doi.org/10.1515/acve-2016-0044 ., conv_484 .